2016年、日本は怪奇現象の脅威に襲われていた。
2000年初頭。とある山奥の集落が、一夜にして壊滅。
村人の殆どが死亡、或いは行方不明となった惨事。
それが全ての始まりだった。
自然災害と言うには余りにも残虐的であり、
それでいて人為的と言うには余りにも荒々しく。
そんな奇妙な現場の惨状に、捜査員達は言葉を失ったという。
その日を境に、日本各地では原因不明の怪奇現象が多発するようになる。
2015年。
警視庁はこれら一連の原因不明の災害、事件に何らかの関連性があると推測。
特別対策本部の設置を決定した。
これらの事故・事件による死傷者数はこれまでに述べ4万人とされており、
特別対策本部は原因の解明を進める。
そして2016年、初夏。
とある事情から引きこもり生活を謳歌していた16歳の少年、
風命 雷(ふうめい らい)の前に一人の男が現れ、彼にこう告げる。
「今日からお前は地球防衛軍の一員だ」
この日を境に、少年の日常は大きく変化していくこととなる。